知識創新工程啟動階段（1998年6月至2000年12月）：

1.	調整學科佈局、優化組織結構，推進機構轉制，擴大對外開放，促進聯合發展。39個研究機構進入知識創新工程試點序列，組建了10個創新基地。
2.	凝煉創新目標，提升科技創新的戰略層次，部署前沿領域，組織創新項目。
3.	凝聚優秀人才，建設跨世紀科技創新隊伍，實施"百人計劃"和"引進國外傑出人才計劃"。從國內外公開招聘了329名傑出青年人才。公開招聘了具有碩士學位以上的優秀人才1000餘人。擴大招收研究生，使中國科學院在學研究生達12000人，在站博士後學人及訪問學人約1500人。

知識創新工程全面推進階段（2001年至2005年）：

一.	指導思想：以創新與發展為中心，面向國家戰略需要、面向世界科技前沿，加強科學創新與高技術創新，攀登世界科學高峰，為經濟建設、國防建設和社會進步，作出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。
二.	發展藍圖：擁有80個左右具有強大科技創新和持續發展能力、特色鮮明的國家研究所，其中約30個成為世界公認的著名高水準研究機構，3至5個達到國際一流水平。將中國科學院建成為國家的科學創新基地、培養高級科技人才的基地、促進高技術產業發展的基地，成為國家科學思想庫和現代科學文明與創新文化的重要源泉，成為我國在國際科技界的重要代表。

中國科學院在知識創新工程試點第一階段雖取得了較好的進展，但成績只是初步的，以後的路更長，挑戰更尖銳。在知識創新工程全面推進階段，中國科學院將做好整體規劃，堅持改革，精心部署，在實踐中逐步解決更多深層次的問題，為我中華民族在21世紀的振興、為祖國的繁榮富強，作出更多的貢獻！